在云山石室附近，有一块大石头，石头上部较为平滑而微微隆起，在石头前部处，有一块不大的椭圆形的石柱，与后面的石头连在一起，微微向上抬起，恰似一个前伸的龟头，朝着“云山石室”方向，巨石的两侧，紧连着几块突出的石头，这些石头恰恰又组成了一只四脚前伸，抬头远望的石龟，惟妙惟肖，这就是“神龟悟道”景点。这有个故事传说： 黄道周先生聪颖睿智，读书过目不忘。十三岁已经读完家乡所有藏书，但感觉不足的是《易经》领悟还很肤浅，不能尽解其奥妙。舅父陈王教是个秀才，觉察这一事情，就向姐夫黄嘉卿和姐姐商量，愿意带其到广东博罗韩日瓒大夫家里读书，请教易理。于是经父母的同意，由其舅父带领黄道周，半肩行李半肩书，千里迢迢来到韩大夫家中，勤奋苦读。三年之间，不但将韩大夫家藏经、史、子、集一概读完，而且才学渊博，名噪粤省。才子佳人，喜与交往，吟诗作赋，各抒少年情怀。后来，因嘉卿公的催促，才于神宗万历三十八年间拜辞韩大夫掩卷回家。嘉卿公检查黄道周书箱，发现满箱尽是酬应华丽的诗赋文藻，没有将易理研深研透，气愤之余，一炬将全箱文稿烧毁，并督责其迁到东门屿岛上，与其兄黄道琛共砚，边耕边研易理。 黄道周在东门屿上卧“飞鹰洞”里，读“云山石室”中，日耕夜读，勤奋苦读，易理日益精进。每当夕阳西坠，豆灯点燃之时，飞禽虎豹、鱼虾龟鳌，纷纷围坐石室之傍，听黄道周先生读《易》研理。久而久之，黄道周与山凝情，与兽结缘，友谊深厚。天启二年（1622），黄道周要晋京参加进士考试时，这群山禽水兽纷纷前来送行，黄道周挥手劝别，却发现船舷边一只老龟，摇拨四足，旋摆尾巴，惜情依依地跟随着。黄道周躬身劝阻：“回去吧，千里相送，终须一别。”老龟仍然绕游船边。黄道周悟其意，则说：“你们都回去，仍到‘云山石室’研读易理，温故可以知新，回去吧。” 老龟频频点首回头离去。 后来，黄道周募师抗清，兵败被俘，神龟祈求天公，保佑黄道周。可是，当它抬起头来的那一刹那间，黄道周在南京殉国了。从此，神龟便永远把头伸向苍天，诉说自己的愤慨和悲哀。 这只神龟，仰头蹲伏在石室四周，似听经状态，静心悟道。从此，到东门屿瞻仰黄道周先生读书处时，人们都称这只老龟为“神龟悟道石”。
